Badan Penjamainan Mutu Universitas Muhammadiyah Magelang dampingi program studi Pendidikan Agama Islam dalam penyusunan borang akreditasi prodi. Pendampingan penyusunan borang telah berjalan sebanyak 3 kali, untuk meminimalisir kekurangan dalam penulisan borang setidaknya/minimal dilakukan 8 kali pendampingan sebelum di lakukan desk evaluasi internal. Badan Penjaminan Mutu bersama tim penyusun borang akreditas program studi menargetkan peningkatan nilai nya. Program studi Pendidikan Agama Islam sebelumnya telah terakreditasi nilai B, oleh karena itu perlu kecermatan dan ketelitian di setiap standar dalam penulisan borang  akreditasi, sehingga taget nilai A dapat terwujud.